Hoàng đế Khang Hi (khoảng 1662 - 1722) lên ngôi khi mới tám tuổi. Trong những năm cầm quyền đầu tiên ông được bà của mình là Thái hoàng thái hậu Hiếu Trang giữ quyền nhiếp chính trợ giúp rất nhiều.

Người Mãn Châu nhận ra rằng việc kiểm soát "Thiên mệnh" là một nhiệm vụ hết sức to lớn. Sự rộng lớn của lãnh thổ Mãn Châu đồng nghĩa với việc triều đình chỉ có đủ quân đội để đồn trú tại những thành phố chính và xương sống của mạng lưới phòng ngự dựa chủ yếu vào những người lính nhà Minh đã đầu hàng.

Hơn nữa, các tướng lĩnh nhà Minh đã đầu hàng trước đó cũng được lựa chọn theo mức độ đóng góp vào việc thành lập nhà Thanh, được phong tước trở thành các lãnh chúa phong kiến (藩王- phiên vương), và được quyền cai quản những vùng đất rộng lớn ở phía nam Trung Quốc. Người đứng đầu số đó là Ngô Tam Quế (吳三桂), được trao các tỉnh Vân Nam và Quý Châu, trong khi các vị tướng khác như Thượng Khả Hỉ (尚可喜) và Cảnh Trọng Minh (耿仲明) được giao cai quản các tỉnh Quảng Đông và Phúc Kiến. Ba người này được người Trung Quốc gọi chung bằng cái tên Tam Phiên.

Sau một thời gian, ba vị lãnh chúa này và những vùng đất đai của họ cai quản dần trở thành hình thức tự trị. Cuối cùng, vào năm 1673, Thượng Khả Hỉ thỉnh cầu Khang Hi, bày tỏ ước vọng muốn được trở về quê hương tại tỉnh Liêu Đông (遼東) và chỉ định con trai làm người kế nhiệm. Vị hoàng đế trẻ cho phép ông ta về nghỉ nhưng từ chối trao chức vụ cho người con trai. Trước sự kiện đó, hai vị tướng kia cũng quyết định xin về hưu để thử phản ứng của Khang Hi, cho rằng ông ta sẽ không dám liều xúc phạm đến họ. Hành động này mang lại kết quả trái ngược với mong đợi của họ khi vị hoàng đế trẻ tuổi lừa phỉnh họ bằng cách chấp nhận các yêu cầu và đoạt lại ba vùng đất đó cho triều đình.

Thấy mình bị tước đoạt quyền lực, Ngô Tam Quế cho rằng ông ta không còn lựa chọn nào khác ngoài cách làm loạn. Ngô Tam Quế cùng Cảnh Trọng Minh và con trai Thượng Khả Hỉ là Thượng Chi Tín (尚之信) thành lập liên minh. Cuộc nổi dậy diễn ra sau đó kéo dài tám năm. Ở thời phát triển mạnh nhất, lực lượng nổi dậy đã tìm cách mở rộng tầm kiểm soát của mình về hướng bắc tới tận sông Trường Giang (長江). Dù vậy, cuối cùng triều đình nhà Thanh tiêu diệt được cuộc nổi dậy và kiểm soát được toàn bộ miền nam Trung Quốc. Trong lịch sử Trung Quốc, sự kiện này được gọi là Loạn Tam Phiên.

Để củng cố đế chế, Khang Hi đích thân chỉ huy một loạt các chiến dịch quân sự tấn công Tây Tạng, người Dzungar; và sau này, ông đánh cả Đế quốc Nga, nhưng phần lớn bị Pyotr I tấn công dữ dội cho tới chân Vạn lý trường thành. Ông dàn xếp một cuộc hôn nhân giữa con gái mình với vị Hãn Mông Cổ là Gordhun (Chuẩn Cát Nhĩ) nhằm tránh một cuộc xung đột quân sự. Các chiến dịch quân sự của Gordhun chống lại nhà Thanh đã chấm dứt, giúp tăng cường sức mạnh đế chế. Đài Loan cũng bị các lực lượng nhà Thanh chinh phục năm 1683 từ tay con trai của Trịnh Kinh là Trịnh Khắc Sảng (鄭克塽,) (cháu nội Trịnh Thành Công, người đã đoạt lại quyền kiểm soát Đài Loan từ tay thực dân Hà Lan). Tới cuối thế kỷ 17, Trung Quốc đạt tới đỉnh cao quyền lực của mình kể từ thời nhà Minh.

Khang Hi cũng cho phép nhiều nhà truyền giáo thuộc các Giáo hội Thiên chúa tới Trung Quốc để truyền đạo. Dù họ không đạt được mục đích cải đạo cho đa số dân Trung Quốc, Khang Hi vẫn cho họ sống yên ổn tại Bắc Kinh.